In deze cursus wordt een algemene achtergrond van metagenomics gegeven. Hands-on data-analyse is een belangrijk onderdeel: tijdens computer practica kan je 16S- en metagenoom datasets analyseren. De workflow van monstervoorbereiding, DNA-isolatie, selectie van platform, read mapping, annotatie en metagenoomassemblage wordt behandeld. 16S- en metagenoom analyses worden besproken en er wordt aandacht besteed aan taxonomische classificatie en de kwantificering van microbiële gemeenschappen. Pipelines voor data-analyse en presentatie van de data worden behandeld.
Voor wie
De cursus wordt gegeven in het Engels en is bedoeld voor laboratoriummedewerkers die met metagenomics onderzoek te maken hebben maar zelf beperkte ervaring met het onderzoek hebben, of die de analyse uitbesteden.
Wat je leert tijdens deze cursus
In deze hand-on cursus komen de volgende onderwerpen aan bod:
- de workflow van sample voorbereiding, DNA isolatie, keuze van sequencing technologie, read mapping, annotatie en metagenoom assembly;
- taxonomische classificatie, kwantificatie van microbiële gemeenschappen en species richness (alpha-diversiteit);
- functionele eigenschappen van de micro-organismen in de monsters door middel van het toevoegen van annotaties en metabolic pathway reconstruction;
- pipelines voor data-analyse, terugkoppeling van bio-informatica analyserapporten met de biologische vraagstelling;
- de basisprincipes en concepten die nodig zijn om de achtergronden van metagenomics onderzoek te begrijpen;
- de basale workflow van metagenomics onderzoek;
- hoe je samples kunt nemen en DNA kunt isoleren voor metagenomics onderzoek en wat daarbij de valkuilen zijn;
- een aantal metagenomics toepassingen, technieken en data analyse tools;
- hoe je 16S en metagenoom data kunt analyseren met gratis toegankelijke tools die online beschikbaar zijn (computerpraktijk);
- hoe je de resultaten interpreteert en de data presenteert.
Deze cursus maakt onderdeel uit van het nascholingsaanbod van het Centrum Bioscience en Diagnostiek (CBD). Het vakgebied life science en health staat nooit stil. Samen met diverse partners uit het werkveld ontwikkelt het CBD daarom opleidingen en nascholingen die inspelen op wat er, nu én in de toekomst, nodig is in de sector.
