RNAseq is een methode om de genexpressie van het hele genoom te bestuderen. De methode is gebaseerd op de next gen sequencing technologie. Het geeft een beeld van de dynamiek in genexpressie gedurende experimentele condities. Analyse van RNAseq data kan gericht zijn op een verschil in expressie tussen twee condities (differentiële expressie), het vinden van nieuwe splice-varianten van een transcript of het detecteren van small RNAs in een monster. Deze aspecten worden in een tweedaagse workshop behandeld. Hierbij doorlopen we de route van onderzoeksplan via laboratoriumwerk tot aan de data analyse. Tijdens de workshop wordt een onderscheid gemaakt tussen de bijdrage van een analist en een bio-informaticus. De nadruk ligt op het controleren en optimaliseren van ‘nat labwerk’ (het sequensen), het opsporen van oorzaken van onverwachte resultaten en het ondersteunen van nieuwe resultaten door hiervoor validatie experimenten op te zetten.
Date: May 11-12, 2015
Target audience: De workshop RNAseq is gericht op analisten die deze technologie (gaan) gebruiken in hun werkveld en heeft als doel om analisten bekend maken met de techniek en een bijdrage te leveren aan de communicatie tussen de analist en de bio-informaticus.
Program: Bij deze cursus leert u:
De basisprincipes en concepten die nodig zijn om de achtergronden van RNA sequencing te begrijpen;
Het controleren, optimaliseren en valideren van de RNAseq laboratorium experimenten;
Het alignen van sequenties op hoofdlijnen;
Hoe bio-informatica rapporten over RNAseq data tot stand komen;
Rapporten over RNAseq data lezen en interpreteren en onverwachte resultaten herkennen;
Hoe u oorzaken van onverwachte resultaten op kunt sporen;
Wat er gebeurt met samples die u wegstuurt voor sequencing
Keywords: CBD, workshop, genomics, RNA, VEP
Course website: http://cbd.hsleiden.nl/cbd_genomics_workshopRNAseq
