Amsterdam UMC (VUmc) – Senior Bioinformaticus Genoomanalyse

Als senior bioinformaticus draag je direct bij aan het verbeteren van de patiëntendiagnostiek en geef je sturing aan een klein hecht team. Je hebt interesse in de wetenschap op het gebied van genomics en identificeert innovatieve ontwikkelingen die vertaald kunnen worden naar de kliniek. Je bent continu bezig met deze innovatie en voert validaties uit om de kwaliteit te kunnen garanderen. Concreet houden je werkzaamheden hierbij het volgende in:

  • Sturing geven aan een team van 4 bioinformatici en een software engineer;
  • Verantwoordelijkheid nemen voor de innovatieve ontwikkelingen binnen de genoomdiagnostiek. Deze ontwikkelingen vertaal je, in nauwe samenwerking met laboratorium analisten en labspecialisten, naar de kliniek door validatie en implementatietrajecten te doorlopen;
  • Bijhouden van ontwikkelingen binnen het researchveld van de klinische genetica en het nemen van initiatief wanneer innovatieve ontwikkelingen naar de kliniek kunnen worden vertaald;
  • Contactpersoon voor speciale casussen die verdere verdieping behoeven, en uitslagtermijn voor deze casussen monitoren;
  • Mede bepalen van de visie van ons groeiende bioinformatica team.

Wat we van je verwachten
Je hebt enige management ervaring of je wilt je hier in ontwikkelen, waarbij je gaat deelnemen in het leidersschapsprogramma binnen locatie VUmc. Zelfstandig werken binnen een multidisciplinair veld zie jij als een uitdaging. Je beschikt over goede communicatieve vaardigheden en je laat graag mensen meedenken om zo het beste uit de medewerkers te halen. Je bent duidelijk en stelt grenzen waar nodig. Je hebt interesse in de research en bent continu op zoek naar vernieuwing en efficiëntie.

Naast deze persoonlijke omschrijving beschik je over de volgende kennis en bekwaamheden:

  • Je hebt een MSc of PhD in de bioinformatica of gerelateerde richting;
  • Je bent bekwaam in statistische software (R/Matlab);
  • Je bent bekwaam in scripting taal (Python/Perl);
  • Je bent bekwaam in pipeline ontwikkeling (Nextflow/Snakemake);
  • Je hebt kennis van HPC en Cloud computing;
  • Je hebt kennis van kwaliteits systemen en certificeringen.

Waar ga je werken
Het bioinformatica team is ingebed in de sectie genoomanalyse van de afdeling Klinische Genetica. Onze hoofdtaak bestaat uit het analyseren en verwerken van grote hoeveelheden genomics data ten behoeve van directe patiëntenzorg en patienten screening. Voor een snelle en efficiënte uitvoering, beschikt de afdeling over geautomatiseerde liquid handling systemen van ondermeer Qiagen, Beckman Coulter en Hamilton. Voor het sequencen beschikken we over apparatuur van Illumina (HiSeq 4000, NextSeq, MiSeq) en Thermo Fischer (Ion S5XL, IonTorrent). Het bioinformatica team beschikt over een eigen 256 core HPC cluster om de grote hoeveelheid data veilig te kunnen verwerken. Met deze middelen zijn we in staat om snel en efficiënt meer dan 800 bloed samples per week te analyseren voor de Niet Invasieve Prenatale Test (NIPT). Daarnaast verwerken we wekelijks zowel kleine targeted (amplicon) panels als grotere Whole Exome en Whole Genome Sequencing onderzoeken en werken we veelvuldig samen met onderzoeksgroepen aan Liquid Biopsies, CRISPR/CAS technieken en (single cell) RNAseq toepassingen.
Ons team is een groeiend jong gezelschap en gedreven om het verschil te kunnen maken in de genoomdiagnostiek, die in toenemende mate afhankelijkheid is van complexe data-analyse. De inbedding in het laboratorium en de setting van een academisch medisch centrum biedt daarvoor een ideale en inspirerende omgeving.

Read more!